Управління Запорізькою спеціальною загальноосвітньою школою-інтернатом №1 у межах повноважень, визначених законодавством та його установчими документами, здійснює Запорізька обласна рада.
Безпосереднє керівництво Запорізькою школою-інтернатом здійснює її директор, який обирається, призначається на посаду та звільняється із займаної посади відповідно до законодавства та умов укладеного трудового договору.
Вищим колегіальним органом громадського самоврядування є ЗАГАЛЬНІ ЗБОРИ ТРУДОВОГО КОЛЕКТИВУ.
Колегіальним органом управління - ПЕДАГОГІЧНА РАДА школи-інтернату.
Запорізька школа-інтернат №1 має у своєму складі структурний підрозділ - ПАНСІОН, поселення учнів до якого, проживання та утримання в ньому здійснюється відповідно до Порядку проживання та утримання учнів у пансіонах закладів освіти, затвердженого Кабінетом Міністрів України
Для проведення моніторингу динаміки розвитку учнів та надання психолого-педагогічної допомоги дітям з особливими освітніми потребами з урахуванням їх вікових та психофізичних особливостей в школі-інтернаті працює ПСИХОЛОГО-ПЕДАГОГІЧНИЙ КОНСИЛІУМ.
Для здійснення психологічного супроводу та соціально-педагогічного патронажу в закладі існує ПСИХОЛОГІЧНА СЛУЖБА в складі практичного психолога та соціального педагога.
З метою профілактики правопорушень учнів та формування навичок свідомої відповідальної поведінки в школі-інтернаті створена РАДА ПРОФІЛАКТИКИ